En la actualidad, el principal método de control de la infección es la terapia antirretroviral (TARV), que consiste en el uso de medicamentos que evitan la replicación del VIH. Sin embargo, el uso prolongado de la TARV sin una buena supervisión, puede generar resistencia del VIH a estos medicamentos, lo que se traduce en una disminución o hasta la pérdida de su eficacia. Para evitar el desarrollo de resistencia, es vital implementar metodologías que permitan inferir la susceptibilidad del virus a la TARV. La creación de una red de transmisión mediante la secuenciación del genoma del VIH es un modelo de vigilancia genética que permite identificar grupos de transmisión (conglomerados), ya que es probable que estos posean el mismo tipo de resistencia.

La secuenciación genómica del VIH permite calcular la similitud (distancia genética) entre las secuencias de diferentes personas. A través de este cálculo es posible definir enlaces entre personas con secuencias genéticas de VIH relacionadas; es decir que tienen distancias menores a 1.5%.

La red se compone de varios conglomerados que representan grupos de personas cuyas secuencias del VIH son similares. Cada nodo simboliza a una persona y su color indica el tipo de antirretroviral al que presenta resistencia. Los enlaces entre nodos representan a personas con secuencias genómicas similares y el tipo de línea del enlace hace referencia al grado de similitud entre dichas secuencias. La construcción de una red genética de transmisión hace posible vigilar la evolución de la misma e implementar estrategias de prevención focalizada.

Para crear tratamientos que generen una disminución de la carga viral y por consiguiente disminuya la probabilidad de transmisión de la infección a otras personas, es importante que los infectados por VIH, conozcan el diagnóstico y el estado de la infección. En México, únicamente el 70% de las personas infectadas con VIH han sido diagnosticadas. Por lo que, generar estrategias que permitan conocer el estado de la infección, así como la vigilancia de la resistencia del virus en la población afectada, facilitará la búsqueda del tratamiento adecuado para cada persona infectada. Recientemente, el Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas (CIENI), la Clínica Especializada Condesa y el Conahcyt han sumado esfuerzos con la finalidad de desarrollar un estudio de secuenciación genómica del VIH, utilizando las secuencias obtenidas para generar la red genética de transmisión y farmacorresistencia del VIH en la CDMX y Zona Metropolitana.